Después de probar muchísimas herramientas de edición de video, finalmente encontré una con la que fácilmente pude quitar el ruido que puede tener un video por diferentes motivos.
1. Tenemos que instalar avidemux, un programa libre que podemos encontrar en la página oficial, en distribuciones para Windows, Mac y Linux, entre otros.
Si usamos Ubuntu o algún derivado como Linux Mint, posiblemente tengamos el programa en nuestro repositorio, y podemos fácilmente instalarlo usando:
GTK
apt-get install avidemux avidemux-plugins-gtk
KDE
apt-get install avidemux-qt avidemux-plugins-qt
2. Una vez instalado, ejecutamos avidemux.
3. Cargamos el video al que queremos quitarle el ruido con file → open.
4. Cambiar formato de video de "copiar" al codec de preferencia.
5. Elegir efectos de video.
6. Seleccionar categoría ruido.
7. Elegir Median kernel 5x5.
8. Hace click en el signo +, aceptar y aceptar.
9. Comprobar video y guardar.
Opcional: Probar con otros efectos hasta conseguir el efecto deseado.
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